Der Bereich Naturschutz gehört organisatorisch zum Stadtplanungsamt und räumlich, sowie inhaltlich zum Umweltbüro, wo eine umfassende Dienstleistung mit dem Bereich Umweltschutz und Grünflächen angeboten wird.
Der Begriff „Naturschutz“ umfasst den besiedelten sowie den unbesiedelten Bereich. Pflege, Schutz und Entwicklung der Leistungsfähigkeit des Naturhaushaltes, der Nutzbarkeit der Naturgüter, der Tiere und Pflanzen und der Vielfalt, Eigenart und Schönheit von Natur und Landschaft dienen als Lebensgrundlage des Menschen und als Voraussetzung für seine Erholung. Übrigens ist im Grundgesetz der Schutz der natürlichen Lebensgrundlagen auch im Artikel 20a als Staatsziel definiert.
Wichtige, als Schutzgüter bezeichnete Bestandteile des Naturschutzes sind Naturdenkmäler, Schutzgebiete, geschützte Landschaftsbestandteile und seltene, im Bestand gefährdete Pflanzen, Tiere und Biotope. Darüber hinaus beschäftigt sich der Naturschutz mit den Schutzgütern Boden, Wasser, Klima und Luft, dem Landschaftsbild und deren Wechselwirkungen.
Im Stadtgebiet befinden sich folgende Schutzgebiete:
Naturschutzgebiete:
NSG Großes und Weißes Moor
NSG Glindbusch
NSG Mühlenbachsee
NSG Wiesteniederung
NSG Westliches Borchelsmoor
Landschaftsschutzgebiete:
LSG Wümmeniederung ober- und unterhalb von Rotenburg
LSG Gebiet beider Bullenseen
LSG Untere Rodau- und Wiedau-niederung
LSG Amtshof in Rotenburg
LSG Grafeler Holz, Hammerloh und Lintel
LSG Höhnsmoor
LSG Stellmoor
LSG Glindbachniederung, Hesedorfer Wiesen und Keenmoorwiesen
Geschütze Landschaftsbestandteile:
(geschütze Landschaftsbestandteile)
Naturdenkmäler:
div.
Gesetzlich geschütze Biotope:
div.
FFH-Gebiete:
Nr. 38 "Wümme"
Nr. 39 "Wiesetal, Glindbusch, Borchels-moor"
Nr. 40 "Großes und Weißes Moor"
Nr. 257 "Rodau und Wiedau"
Nr. 241 "Stellmoor und Weichel"